2016年全面营改增后金税三期全面上线运行，税务机关通过金税三期征管软件预警评估系统，每个月对企业各项资料进行数据信息和逻辑关系分析，筛选出可疑信息，进行预警评估，对重要信息进行双随机摇号稽查。
常见的预警指标如下：
1.增值税申报收入与所得税申报表收入不一致。
2.存货扣税比异常预警。简单的讲增值税最高税率是17%，最低是0%，综合起来正常的话应该在0%-17%之间，突破就预警。
3.进项税额和销项税额变动弹性异常预警。
增值税一般纳税人进项税额和销项税额弹性是指纳税人当期的进项税额和销项税额相比去年同期的变动关系，二者变动方向和幅度基本一致。
4.预收账款占比过大预警
一般来讲企业账面的预收账款占到主营业务收入的20%以上就容易预警。
5.所得税贡献率异常预警
该行业中的企业当年所得税贡献率低于本行业当年所得税贡献率预警值就容易预警。
6.资金或存货周转次数平均每月超过5次等3项风险点预警。
7.大部分发票顶额开具，发票开具金额满额度高于90%预警。
8.发票开具后大量作废。
9.主营业务收入变动率异常就预警。
10.查账企业亏损预警。
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